自101年9月6日起，司法院推動行政訴訟「三級二審」新制，在現有的高等行政法院及最高行政法院外，於地方法院設立行政訴訟庭。

所謂「三級二審」，其中「三級」係指行政法院由上而下分為最高行政法院、高等行政法院及地方法院行政訴訟庭；「二審」則指所有行政訴訟事件均經二審終結，第一審為事實審，第二審為法律審。

以行政法院受理的事件區分，簡易訴訟程序事件及交通裁決事件的第一審為地方法院行政訴訟庭，第二審(終審)為高等行政法院；通常訴訟程序事件的第一審為高等行政法院，第二審(終審)則為最高行政法院。